Le 2 mars, le Japon ferme ses écoles. Le 6 avril, il les rouvre partiellement. Une semaine plus tard, il les ferme de nouveau, confronté à une seconde vague de contamination.
Après un mois sans école, le gouvernement nationaliste conservateur de Shinzo Abe devait fournir un plan de réouverture. Mais le 19 mars, son conseil scientifique refusant de se prononcer, seule une autorisation « de principe » est donnée aux autorités locales par l’état central. Les mesures demandées par le ministère de l’Éducation étaient, elles aussi « de principe » et bien succinctes : aérer les salles de classe, demander aux élèves de prendre leur température tous les jours, de bien se laver les mains, d’essayer de garder leurs distances et de porter un masque. Masques dont le pays manque, obligeant les parents à se mettre à la couture pour protéger leurs enfants.
Cette réouverture ne s’est pas faite sans controverse parmi les enseignants et les parents, mais aussi les élèves les plus âgés, dont certains se sont mobilisés pour dénoncer les conditions de cette reprise et demander à être protégés. Ainsi, le lundi 6 avril, seule une partie des établissements ouvrent leurs portes : 55 % dans 40 préfectures (régions), et même 6 % dans les 7 préfectures soumises un état d’urgence local. Mais au cours des 10 derniers jours, le nombre de cas de Covid-19 dans le pays a doublé, dépassant les 10 000 et débordant les services d’urgence.
En conséquence, le gouvernement central décrète l’état d’urgence national et certaines autorités locales durcissent les mesures de confinement et ferment à nouveau écoles, collèges et lycées. C’est notamment le cas sur le territoire d’Hokkaido, une île séparée du reste du Japon par un bras de mer. Là, le 28 février, la préfecture avait été la première du pays à déclarer l’état d’urgence et à prendre des mesures de confinement, dont la fermeture des écoles. N’ayant plus qu’un ou deux cas par jour, la préfecture a levé l’état d’urgence le 19 mars et rouvert les établissements scolaires le 6 avril, pour les fermer de nouveau dès le 13 avril et réinstaurer l’état d’urgence.